Come leggere una mappa di plasmidi

Una mappa plasmidica è la posizione relativa degli elementi all'interno del plasmide. Una mappa del plasmide può essere letta comprendendo le caratteristiche del plasmide. Sono il nome e la dimensione del plasmide, gli elementi del plasmide, le loro posizioni relative e l'orientamento del promotore. L'origine della replicazione (ORI), il gene di resistenza agli antibiotici, il sito di clonazione multipla (MCS), l'inserto o il gene di interesse, la regione del promotore, il marcatore selezionabile e il sito di legame del primer sono gli elementi di un plasmide. Le posizioni relative degli elementi in un plasmide possono essere determinate mappando il plasmide. Il processo coinvolto nella mappatura dei plasmidi è chiamato mappatura delle restrizioni.

Aree chiave coperte

1. Cos'è una mappa di plasmidi
     - Definizione, mappatura delle restrizioni
2. Come leggere una mappa di plasmidi
     - Caratteristiche di un Plasmid MapP

Termini chiave: Elementi, Nome e Dimensione del Plasmide, Orientamento del Promotore, Mappa del Plasmide, Enzimi di Restrizione, Mappatura delle Restrizione

Cos'è una mappa di plasmidi

Una mappa plasmide è una rappresentazione grafica di un plasmide, che mostra le posizioni dei principali punti di riferimento o elementi del plasmide. Le posizioni relative degli elementi all'interno di un plasmide possono essere identificate da mappatura delle restrizioni. Una mappa di restrizione è una mappa di siti di riconoscimento di restrizione all'interno di un particolare plasmide. Quindi, è coinvolto nella digestione del plasmide da parte degli enzimi di restrizione. Una mappa di restrizione è mostrata in Figura 1.

Figura 1: Mappa di restrizione

È possibile utilizzare due metodi nella mappatura delle restrizioni:

1. Digestione di restrizione

- Digestione di restrizione del plasmide con uno o due enzimi di restrizione

- La mappatura del plasmide in base alle dimensioni dei frammenti risultava dal plasmide

2. Sequencing

- Sequenziare l'intero plasmide

- Identificazione degli elementi del plasmide

Come leggere una mappa di plasmidi

Figura 2: Mappa del plasmide

La lettura di una mappa plasmidica si concentra principalmente sulle caratteristiche del plasmide. Loro sono;

1. Il nome e la dimensione del plasmide

• Il nome e la dimensione del plasmide sono indicati nel mezzo del plasmide circolare.

2. Gli elementi di un plasmide -

• Origine della replicazione: la sequenza del DNA coinvolta nell'iniziazione della replicazione mediante il reclutamento del macchinario trascrizionale batterico.
• Gene di resistenza agli antibiotici: consente la selezione di batteri contenenti plasmidi in un terreno selettivo.
• Sito di clonazione multipla: una sequenza breve costituita da diversi siti di riconoscimento delle restrizione per l'inserimento di un frammento di DNA estraneo
• Inserisci: il gene di interesse inserito nel plasmide
• Regione promotore - sito di legame per RNA polimerasi durante la trascrizione
• Marcatore selezionabile: consente la selezione dell'espressione di successo del gene inserito
• Sito di legame primer - serve come sito di inizio per l'amplificazione PCR del plasmide per il sequenziamento

3. Le posizioni relative degli elementi all'interno del plasmide

• Le posizioni relative degli elementi plasmidici sono mappate mediante mappatura delle restrizioni o sequenziamento.

4. L'orientamento del promotore 

• L'orientamento del promotore all'interno del plasmide è importante per determinare l'orientamento di tutti gli altri elementi del plasmide, in particolare l'orientamento del gene inserito. La trascrizione è iniziata alla fine 3 'del promotore. Quindi, il gene dovrebbe essere nel giusto orientamento per essere espresso.

Conclusione

Una mappa del plasmide può essere letta comprendendo le caratteristiche della mappa del plasmide come il nome e la dimensione del plasmide, il tipo di elementi nel plasmide e le loro posizioni relative e l'orientamento del promotore.

Riferimento:

1. "Cos'è un plasmide?" Addgene, Disponibile qui.

Cortesia dell'immagine:

1. "Mappa PDONR221" di Nothingserious - Analizza sequenza: pDONR221. Addgene. Estratto il 24 gennaio 2016 (CC0) tramite Commons Wikimedia
2. "Vettore di clonazione PGEX-3X" di Magnus Manske - Creato da Magnus Manske (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia