Differenza tra proteomica e trascrittomica
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Il differenza principale tra proteomica e trascrittomica è che il la proteomica è lo studio dell'intero insieme di proteine prodotte da un particolare organismo mentre la trascrittomica è lo studio dell'intero set di mRNA sintetizzato da un particolare organismo.
Proteomica e trascrittomica sono due aree in cui viene studiata l'espressione genica di un particolare organismo.
Aree chiave coperte
1. Cos'è la Proteomica
- Definizione, fatti, applicazioni
2. Cos'è la trascrittomica
- Definizione, fatti, applicazioni
3. Quali sono le somiglianze tra proteomica e trascrittomica
- Profilo delle caratteristiche comuni
4. Qual è la differenza tra proteomica e trascrittomica
- Confronto tra le principali differenze
Parole chiave
Applicazioni, mRNA, Proteine, Proteomica, Tecniche, Transcriptomics
Cos'è la Proteomica
La proteomica è lo studio su larga scala dei proteomi. Il proteoma si riferisce all'intero insieme di proteine prodotte da un particolare organismo o una cellula. Pertanto, un particolare tipo di organismo o cellula ha un proteoma unico. Le principali aree di indagine della proteomica sono le seguenti.
- Previsione della struttura 3D di una proteina;
- Rilevazione della posizione e del tempo della sintesi proteica;
- I tassi di produzione di proteine, degradazione e abbondanza di stato stazionario;
- Modifiche alle proteine come modificazioni post-traduzionali;
- Trasporto di proteine tra compartimenti subcellulari;
- Coinvolgimento delle proteine nelle vie metaboliche;
- Interazione di proteine tra loro.
Figura 1: esempi di strutture proteiche disponibili dal PDB
Diverse tecnologie high-throughput come la spettroscopia di massa e la differenza nell'elettroforesi su gel (DIGE) sono coinvolte negli studi di proteomica.
Cos'è la trascrittomica
La trascrittomica è lo studio del trascrittoma di un particolare organismo o cellula. Il trascrittoma si riferisce all'intero insieme di mRNA nell'organismo o nella cellula. Tuttavia, a volte si riferisce anche all'intero set di RNA. Il trascrittoma varia a seconda delle condizioni ambientali che l'organismo o la cellula devono affrontare. Pertanto, riflette l'insieme di RNA espresso in un tempo definito in un determinato insieme di condizioni. La trascrittomica comprende l'analisi sia del profilo di espressione che dell'analisi delle varianti di sezione. I microarray di DNA e l'RNA Seq sono le due principali tecnologie utilizzate nella trascrittomica.
Figura 2: Microarray e RNA Seq
Somiglianze tra proteomica e trascrittomica
- Proteomica e trascrittomica sono due tipi di campi che studiano l'espressione genica di un particolare organismo o un tipo di cellule.
- Le tecniche ad alto rendimento sono utilizzate sia nella proteomica che nella trascrittomica.
Differenza tra proteomica e trascrittomica
Definizione
La proteomica si riferisce allo studio dei proteomi e delle loro funzioni mentre la trascrittomica si riferisce allo studio dei transcriptomi e delle loro funzioni.
Tipo di studio
La proteomica studia l'intero set di proteine espresse mentre la trascrittomica studia l'intero set di mRNA espresso in un particolare organismo.
fenomeni
La proteomica studia la struttura e la funzione 3D delle proteine e le interazioni proteina-proteina mentre la trascrittomica studia la struttura delle sequenze, le interazioni con l'ambiente e le applicazioni dell'mRNA.
tecniche
La proteomica coinvolge la spettroscopia di massa e la differenza elettroforesi su gel (DIGE) mentre la trascrittomica coinvolge il DNA microarray e l'RNA Seq come tecniche.
Aree importanti
Alcune delle aree importanti della proteomica sono sviluppi del database proteoma come SWISS-2DPAGE e sviluppo di software per la progettazione assistita da computer mentre la trascrizione coinvolge lo studio della differenziazione cellulare, della carcinogenesi, dei meccanismi molecolari e delle vie di segnalazione, che controllano lo sviluppo embrionale precoce, come biomarker per la valutazione del rischio di farmaci o sostanze chimiche e inferire relazioni filogenetiche tra individui.
Conclusione
La proteomica è lo studio dell'intero insieme di proteine di un particolare organismo, mentre la trascrittomica è lo studio dell'intero insieme di mRNA dell'organismo. Pertanto, la principale differenza tra proteomica e trascrittomica è il tipo di studio.
Riferimento:
1. "Che cos'è la proteomica?" Proteomica: introduzione alle risorse EMBL-EBI, 8 giugno 2016, disponibile qui
2. Lowe, Rohan et al. "Tecnologie di trascrittomica". PLoS Computational Biology 13.5 (2017): e1005457. PMC. Web. 10 luglio 2018, disponibile qui
Cortesia dell'immagine:
1. "Esempi di strutture proteiche" di Axel Griewel - Opera propria (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. "Microarray e sequencing cell cell" di Thomas Shafee - Opera propria (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia
