Differenza tra ibridazione di colonie e placche
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Il differenza principale tra l'ibridazione della colonia e della placca è che il l'ibridazione delle colonie è il metodo utilizzato nella selezione delle colonie batteriche con i geni desiderati mentre l'ibridazione della placca è il metodo di selezione dei fagi con i geni desiderati. Inoltre, l'ibridazione delle colonie può essere utilizzata per lo screening di librerie basate su plasmidi o cosmidi, mentre l'ibridazione della placca può essere utilizzata nello screening di librerie di fagi.
L'ibridazione della colonia e della placca sono due tecniche utilizzate nello screening di librerie genomiche o di cDNA. Sono anche chiamati sollevamento della colonia e sollevamento della placca rispettivamente.
Aree chiave coperte
1. Cos'è l'ibridazione della colonia
- Definizione, tipo di biblioteche, metodi di screening
2. Cos'è l'ibridazione della placca
- Definizione, tipo di biblioteche, metodi di screening
3. Quali sono le somiglianze tra ibridazione di colonie e placche
- Profilo delle caratteristiche comuni
4. Qual è la differenza tra ibridazione della colonia e della placca
- Confronto tra le principali differenze
Parole chiave
Colonia, ibridazione della colonia, screening della biblioteca, placca, ibridazione della placca
Cos'è l'ibridazione della colonia
L'ibridazione della colonia è un metodo di screening utilizzato nella selezione di colonie batteriche con una sequenza di DNA desiderata. È anche chiamato ibridazione della colonia, aumento della colonia o replica placcatura. Permette lo screening di colonie placcate ad alta densità. La procedura originale di ibridazione delle colonie fu inizialmente sviluppata da Grunstein e Hogness. Innanzitutto, le colonie batteriche possono essere trasformate su una membrana e le colonie batteriche vengono lisate, esponendo gli acidi nucleici. Quindi, gli acidi nucleici esposti vengono fissati sulla membrana denaturandoli e vengono ibridati con le sonde radioattive.
Figura 1: metodo di ibridazione della colonia
Una colonia è un gruppo di batteri sviluppato da una singola cellula batterica attraverso la riproduzione asessuata. Quindi, tutte le cellule batteriche in una particolare colonia possiedono lo stesso corredo genetico e il materiale genetico trasformato. Generalmente, i batteri vengono trasformati con l'aiuto di plasmidi o vettori cosmici.
Cos'è l'ibridazione della placca
L'ibridazione della placca è il metodo di screening per i fagi ricombinanti. È una modifica dell'ibridazione delle colonie di Benton e Devis nel 1977. Viene anche chiamato il metodo sollevamento della placca. La procedura di ibridazione della placca è simile alla procedura di ibridazione delle colonie e le placche vengono sollevate mettendole in contatto con una membrana di nitrocellulosa. Gli acidi nucleici vengono quindi esposti e fissati sulla membrana, ibridandosi con le sonde desiderate.
Figura 2: placche su una piastra di agar
Una placca è una zona chiara su una piastra di agar prodotta da un particolare batteriofago dalla lisi di cellule batteriche su quella zona. A causa della minore quantità di DNA trasferito sulla membrana di nitrocellulosa, l'ibridazione della placca produce meno segnali di fondo.
Somiglianze tra ibridazione di colonie e placche
- L'ibridazione della colonia e della placca sono due tecniche utilizzate nello screening di librerie genomiche o di cDNA.
- Il principio principale in entrambe le tecniche è l'ibridazione dell'acido nucleico.
- Entrambi sono metodi di ibridazione dei filtri, che consentono lo screening primario delle biblioteche mediante replicazione in Situ su una membrana di nitrocellulosa.
- Permettono uno screening ad alta densità.
- Come sonda viene usata una molecola di DNA a filamento singolo, che può ibridarsi alla sua sequenza complementare per identificare le sequenze specifiche.
- Entrambe le tecniche di ibridazione sono veloci e possono gestire un numero molto elevato di cloni.
- Sono utilizzati nell'identificazione di sequenze genetiche incomplete, che non possono essere espresse.
Differenza tra ibridazione di colonie e placche
Definizione
L'ibridazione della colonia si riferisce ad un metodo di selezione delle colonie batteriche con i geni desiderati mentre l'ibridazione della placca si riferisce ad un metodo di screening utilizzato nell'identificazione dei fagi ricombinanti.
Sviluppato da
L'ibridazione della colonia fu inizialmente sviluppata da Grunstein e Hogness mentre l'ibridazione della placca fu sviluppata per la prima volta da Benton e Devis nel 1977.
Tipi di librerie
L'ibridazione delle colonie comporta l'identificazione di librerie basate su plasmidi o cosmidi mentre l'ibridazione della placca comporta l'identificazione di librerie di fagi.
Numero di ascensori
Le colonie possono essere sollevate per una sola volta, mentre le placche possono essere sollevate più volte.
Segnali di fondo
Più segnali di fondo si verificano nell'ibridazione delle colonie mentre i segnali di fondo sono meno nell'ibridazione della placca.
Conclusione
L'ibridazione delle colonie è un metodo di screening delle colonie batteriche nelle biblioteche prodotte con plasmidi o vettori cosmici. D'altra parte, l'ibridazione della placca è un metodo di screening dei batteriofagi nelle librerie dei fagi. La principale differenza tra l'ibridazione della colonia e della placca è il tipo di librerie proiettate in ciascun metodo.
Riferimento:
1. Kaksonen, Anna. "Approcci molecolari per l'analisi della comunità microbica". Leaching - BioMineWiki, 20 aprile 2006, disponibile qui
2. Dale, J W e P J Greenaway. "Identificazione dei fagi ricombinanti mediante ibridazione della placca". Metodi in biologia molecolare (Clifton, N.J.)., Biblioteca nazionale statunitense di medicina, disponibile qui
Cortesia dell'immagine:
1. "Blot Hybridization" di Kaksonen - http://wiki.biomine.skelleftea.se/biomine/molecular/index_22.htm (Dominio pubblico) via Commons Wikimedia
2. "M. targa smegmatis "di Wazzzup7up - Opera propria (di dominio pubblico) tramite Commons Wikimedia
