Differenza tra SYBR Green e Taqman

Differenza chiave - SYBR Green vs Taqman
 

SYBR Green e Taqman sono due metodi utilizzati per rilevare o osservare il processo di amplificazione della PCR in tempo reale. SYBR Green è un metodo basato sulla intercalazione della colorazione con acido nucleico mentre Taqman è un metodo basato sulla sonda di idrolisi. Entrambe le tecnologie sono progettate per generare fluorescenza durante la PCR, che consente alla PCR in tempo reale di monitorare la reazione in "tempo reale". Il metodo SYBR Green viene effettuato utilizzando un colorante fluorescente denominato SYBR green e rileva l'amplificazione legando il colorante al DNA a doppio filamento prodotto. Taqman viene eseguito utilizzando sonde a doppia etichetta e rileva l'amplificazione per degradazione della sonda mediante Taq polimerasi e rilasci del fluoroforo. Questa è la differenza chiave tra SYBR Green e Taqman.

CONTENUTO
1. Panoramica e differenza chiave
2. Cos'è SYBR Green
3. Cos'è Taqman
4. Confronto affiancato - SYBR Green vs Taqman
5. Sommario

Cos'è SYBR Green?

SYBR Green è un colorante fluorescente usato per colorare gli acidi nucleici, in particolare il DNA a doppio filamento in Biologia Molecolare. Il metodo SYBR Green viene utilizzato per quantificare i prodotti della PCR durante la PCR in tempo reale. Una volta che si lega con il DNA, il risultante complesso di DNA-dye assorbe la luce blu ed emette un'intensa luce verde. Succede a causa del cambiamento strutturale che si verifica nella molecola del colorante al momento del legame con il DNA a doppio filamento. Quando la PCR crea sempre più DNA, più molecole di colorante si legano con il DNA, generando più fluorescenza. Pertanto, la fluorescenza aumenta con l'accumulo del prodotto della PCR. Quindi, la quantità di prodotto della PCR può essere misurata quantitativamente mediante il rilevamento della fluorescenza SYBR Green.

Il colorante verde SYBR può anche essere usato per l'etichettatura del DNA in citometria e microscopia a fluorescenza. Il bromuro di etidio è stato sostituito con successo da SYBR Green poiché il bromuro di etidio è un colorante cancerogeno con problemi di smaltimento durante la visualizzazione del DNA nell'elettroforesi del gel.

Ci sono vantaggi e svantaggi del metodo SYBR green. Questo metodo è molto sensibile, poco costoso e facile da usare. Tuttavia, grazie alla sua capacità di legarsi a qualsiasi DNA a doppio filamento, il legame non specifico può portare a una quantificazione eccessiva del prodotto della PCR.

Figura 01: SYBR Green Technique

Cos'è Taqman?

Taqman è un metodo alternativo a SYBR Green per monitorare il processo PCR in tempo reale. Questo metodo dipende dall'attività di esonucleasi 5 '- 3' dell'enzima Taq polimerasi per degradare le sonde durante l'estensione del nuovo filamento e rilascio di fluoroforo. Le sonde a doppia etichetta sono utilizzate in questo metodo e si basano sull'idrolisi delle sonde. Le sonde sono oligonucleotidi del DNA marcati con fluorescenza con una molecola reporter fluorescente (fluoroforo) all'estremità 5 'e una molecola quencher all'estremità 3'. Sono progettati per legarsi al modello single strand sul lato opposto del primer. Taq polimerasi aggiunge nucleotidi al primer e estende il nuovo filamento verso le sonde a doppia etichetta. Quando la Taq polimerasi incontra la sonda, l'azione di esonucleasi della Taq polimerasi attiva e degrada la sonda. Una volta completata la sintesi del nuovo filamento, la sonda viene sottoposta a completo degrado e rilascia il fluoroforo. Il rilascio di fluoroforo genera fluorescenza. La molecola fluorescente di Quencher estingue efficacemente la luce emessa e crea l'output per la quantificazione del prodotto della PCR. Il rilascio di fluorofori e la quantità dei prodotti di PCR sono proporzionali. Quindi, la quantificazione può essere facilmente eseguita con il metodo Taqman.

Figura 02: metodo Taqman

Il metodo Taqman è utilizzato nella PCR in tempo reale, quantificazione dell'espressione genica, rilevamento di polimorfismi genetici, quantificazione delle delezioni del DNA cromosomico, identificazione batterica, verifica dell'analisi di microarray, genotipizzazione SNP ecc..

Qual è la differenza tra SYBR green e Taqman?

SYBR Green vs Taqman
SYBR Green si basa sul colorante che lega il DNA.	Taqman dipende dalle sonde di ibridazione e dall'attività di esonucleasi da 5 'a 3' della Taq polimerasi.
Sonde fluorescenti etichettate
Non sono richieste sonde con etichetta fluorescente.	Sono richieste sonde a doppia etichetta.
Analisi del gene multiplex
Non può essere usato per bersagli di geni multiplex.	Può essere usato per bersagli di geni multiplex.
Costo
Questo è meno costoso.	Questo è più costoso.
Specificità
Questo è meno specifico e si lega a qualsiasi DNA a doppio filamento	Questi sono altamente specifici poiché le sonde rilevano i prodotti specifici di amplificazione.
Efficacia
Questo è meno efficace.	Questo è molto efficace.
Applicazione
Questo viene utilizzato in real-time PCR, visualizzazione gel di agarosio, marcatura DNA ecc.	Questo viene utilizzato nella PCR in tempo reale, quantificazione dell'espressione genica, rilevamento di polimorfismi genetici, ecc.

Riassunto: SYBR Green e Taqman

Taqman e SYBR green sono due metodi utilizzati nella PCR in tempo reale (PCR quantitativa). Entrambi i metodi consentono la quantificazione del prodotto della PCR in modo efficiente e si basano sull'emissione della fluorescenza. Il metodo Taqman utilizza sonde a doppia etichetta per il rilevamento del DNA accumulato mentre il metodo SYBR Green utilizza un colorante fluorescente. Entrambi questi metodi hanno anche diverse applicazioni in biologia molecolare.

Riferimento:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour e Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Confronto dei metodi SYBR Green e TaqMan nell'analisi quantitativa della reazione a catena della polimerasi in tempo reale di quattro sottotipi di recettori di adenosina." Ricerca biomedica avanzata. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 marzo 2017.
2. "Principi di base della PCR in tempo reale." Real Time PCR, Quantitative (qPCR), Primers & Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. 13 marzo 2017.
3. "SYBR Green e altri coloranti PCR in tempo reale." Biocompare. N. 5 aprile 2010. Web. 14 marzo 2017

Cortesia dell'immagine:
1. "PCR con SYBR verde" Di -Ygonaar 23:09, 7 marzo 2006 (UTC) - È un grafico creato da Ygonaar con Power Point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619.528
2. "Taqman" per utente: Braindamaged - Opera propria (dominio pubblico) tramite Commons Wikimedia