Differenza tra AFLP e RFLP

Differenza chiave - AFLP vs RFLP

Gli studi sul DNA hanno un'importanza enorme nella comprensione e nella determinazione delle relazioni filogenetiche, nella diagnosi delle malattie genetiche e nella mappatura dei genomi dell'organismo. Diverse tecniche associate all'analisi del DNA sono anche utilizzate per l'identificazione di un particolare gene o di una sequenza di DNA in un pool di DNA sconosciuto. Sono conosciuti come marcatori molecolari. Polimorfismo a frammento amplificato (AFLP) e Polimorfismo della lunghezza del frammento di restrizione (RFLP) sono due tali marcatori molecolari (metodi) sviluppati in biologia molecolare per rilevare variazioni genetiche tra organismi. Entrambi i metodi sono ugualmente importanti e presentano vantaggi e svantaggi. La differenza principale tra AFLP e RFLP è quella L'AFLP prevede l'amplificazione selettiva della PCR del DNA digerito mentre la RFLP non prevede l'amplificazione selettiva della PCR dei frammenti di DNA.

CONTENUTO
1. Panoramica e differenza chiave
2. Che cos'è AFLP
3. Cos'è RFLP
4. Confronto affiancato - AFLP vs RFLP
5. Sommario

Che cos'è AFLP?

AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) è uno strumento importante in biologia molecolare ed è ampiamente utilizzato nell'analisi delle variazioni genetiche. L'AFLP si basa sull'amplificazione PCR specifica del DNA genomico frammentato e sul rilevamento del polimorfismo mediante autoradiografi tramite elettroforesi su gel. L'AFLP contribuisce ampiamente a identificare le differenze genetiche nei ceppi o nelle specie strettamente correlate di vari regni tra cui piante, animali, batteri e funghi. L'AFLP può essere eseguita con piccole quantità di campioni di DNA sconosciuti. Non richiede la previa conoscenza della sequenza e la progettazione di sonde.

Passi di AFLP

Isolamento del DNA
Digestione del DNA con endonucleasi di restrizione
Legatura dei frammenti di DNA ristretti con adattatori
Amplificazione selettiva dei frammenti con specifici siti di restrizione
Separazione dei prodotti della PCR mediante elettroforesi su gel
Visualizzazione della matrice di gel mediante autoradiografo

L'AFLP è un metodo più sensibile e riproducibile che può essere utilizzato nella profilatura del DNA di diversi taxa inclusi funghi, batteri, piante e animali senza previa conoscenza delle sequenze di DNA. Aiuta a identificare le leggere differenze tra gli individui nelle popolazioni a causa della sua natura altamente sensibile. L'AFLP è anche importante nella mappatura del genoma, studi forensi, test genitoriali, genotipizzazione, ecc.

Figura 01: AFLP

Cos'è RFLP?

Polimorfismi a restrizione dei frammenti (RFLP) è una tecnica che viene utilizzata per rilevare le variazioni genetiche nelle sequenze di DNA omologhe. È il primo metodo sviluppato per la profilatura del DNA. Gli organismi hanno impronte digitali di DNA uniche o profili di DNA. RFLP funge da strumento importante per analizzare la variazione tra i profili di DNA di organismi intraspecifici o strettamente correlati poiché le sequenze omologhe hanno siti di restrizione diversi (posizioni) che sono unici per un particolare organismo. Quando il DNA omologo viene digerito con specifiche endonucleasi di restrizione, si otterranno profili di DNA diversi che sono unici per ciascun individuo. Pertanto, il principale di questo metodo è la rilevazione della variazione genetica tra gli organismi, limitando il DNA omologo con specifici enzimi di restrizione e l'analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento tramite elettroforesi su gel e blotting. I pattern di blotting sono unici per ciascun organismo e caratterizzano i genotipi specifici.

Passi di RFLP

Isolamento di una quantità sufficiente di DNA dai campioni
Frammentazione dei campioni di DNA con specifiche endonucleasi di restrizione in breve sequenza
Separazione dei frammenti risultanti con diverse lunghezze mediante elettroforesi su gel di agarosio.
Trasferimento del profilo di gel in una membrana mediante Southern blotting
Ibridazione della membrana con sonde marcate e analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento in ciascun profilo

La RFLP è una tecnica molto importante per rilevare l'ereditarietà della malattia e per individuare il rischio di insorgenza della malattia tra i membri della famiglia. L'RFLP è anche frequentemente utilizzato nella mappatura del genoma, nell'identificazione di criminali in medicina legale, test di paternità, ecc. RFLP ha anche diversi limiti. RFLP richiede la conoscenza preliminare dei dati di sequenza per progettare le sonde per l'ibridazione. Richiede anche l'isolamento di una quantità sufficiente di DNA dal campione da analizzare, il che è difficile negli studi forensi.

Figura 01: mappatura RRFLP

Qual è la differenza tra AFLP e RFLP?

ALFP vs RFLP
L'AFLP prevede l'amplificazione PCR selettiva del DNA digerito.	RFLP non coinvolge PCR a meno che non sia PCR-RFLP.
Conoscenza della sequenza
La conoscenza della sequenza precedente non è richiesta.	La conoscenza della sequenza precedente è necessaria per progettare sonde RFLP.
Affidabilità
Questo è più affidabile.	Questo è meno affidabile rispetto all'AFLP.
Efficienza nel rilevamento del polimorfismo
Questo ha una maggiore efficienza nel rilevamento del polimorfismo rispetto a RFLP.	Questo è meno efficiente rispetto all'AFLP.
Costo
Questo è un po 'costoso rispetto a RFLP.	Questo è meno costoso rispetto all'AFLP.
applicazioni
Gli AFLP sono stati applicati alla mappatura del genoma, alle impronte digitali del DNA, agli studi sulla diversità genetica, ai test di paternità e alla medicina legale	L'analisi RFLP è uno strumento importante nella mappatura del genoma, localizzazione dei geni per i disordini genetici, determinazione del rischio per la malattia e test di paternità.

Riepilogo: AFLP vs RFLP

AFLP e RFLP sono due tecniche utilizzate come marcatori genetici per la valutazione della diversità e la valutazione delle relazioni genetiche in biologia molecolare. L'AFLP funge da metodo efficace e sensibile per il rilevamento del polimorfismo genetico tra organismi rispetto alla RFLP. Tuttavia, sebbene entrambi questi metodi abbiano differenti efficienze nel rilevamento delle variazioni genetiche, sono ancora utilizzati per il fingerprinting del DNA e la diagnosi delle malattie.

Riferimento:
'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. e Anete P. De Souza. "Confronto di marcatori RAPD, RFLP, AFLP e SSR per studi di diversità in linee ibride di mais tropicale." Genetica e biologia molecolare. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19 marzo 2017
2. "Polymorphism di lunghezza del frammento di restrizione (RFLP)." National Center for Biotechnology Information. U.S. National Library of Medicine, n. Web. 19 marzo 2017
3. Masiga D. K. e Turner C. M. (2004). "Analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento (restrizione) amplificata (AFLP)". Metodi Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Web. 19 marzo 2017

Cortesia dell'immagine:
1. "ALFP" di Barbarossa su Wikipedia olandese - Trasferito da nl.wikipedia a Commons. (Dominio pubblico) tramite Commons Wikimedia
2. "Mappatura RFLP" di Retama - Proprio lavoro (GFDL) via Commons Wikimedia

Biologia