Differenza tra Southern Southern e Western Blot
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Il differenza principale tra Southern Southern e Western blotting è che il Il Southern blotting prevede l'identificazione del DNA e il Northern blotting prevede l'identificazione dell'RNA, mentre il Western blotting prevede l'identificazione delle proteine.
Southern, Northern e Western sono tre tecniche di blotting utilizzate per rilevare un DNA specifico, un RNA o una molecola proteica in un campione. Durante l'asciugatura, le macromolecole sono trasferite su una membrana dal gel e fatte legare con un acido nucleico specifico o un anticorpo che aiuta nella rilevazione.
Aree chiave coperte
1. Cos'è Southern Blot
- Definizione, processo, applicazioni
2. Cos'è il Northern Blotting
- Definizione, processo, applicazioni
3. Cos'è il Western Blotting
- Definizione, processo, applicazioni
4. Quali sono le somiglianze tra Southern Southern e Western Blot
- Profilo delle caratteristiche comuni
5. Qual è la differenza tra Southern Southern e Western Blot
- Confronto tra le principali differenze
Parole chiave
Anticorpo, DNA, elettroforesi, Northern Blotting, RNA, Proteine, Southern Blotting, Western Blotting
Cos'è Southern Blot
Il Southern blotting è la tecnica utilizzata per rilevare una specifica sequenza di DNA in una miscela di DNA. I passaggi fondamentali di un Southern blot sono i seguenti.
elettroforesi - Separa il campione di DNA in bande distinte in base alle dimensioni mediante elettroforesi su gel.
Trasferimento - Durante il trasferimento, una membrana di nitrocellulosa viene posta a contatto con il gel e le bande di DNA si spostano sulla membrana attraverso l'azione capillare.
Rilevazione di sequenze specifiche - La sequenza bersaglio sulla membrana è ibridata con la sequenza specifica di oligonucleotidi marcata chiamata sonda di ibridazione. La sonda di ibridazione è corta, con una dimensione di 100-500 bp, molecola di DNA a filamento singolo. La stringenza, che dipende dalla temperatura e dalla concentrazione di sale del buffer di ibridazione, influisce sull'ibridazione. L'alta stringenza definita dall'alta temperatura e dalla bassa concentrazione di sali aumenta la specificità dell'ibridazione mentre la bassa stringenza definita dalla bassa temperatura e l'elevata concentrazione di sali diminuisce la specificità.
Figura 1: Southern Blotting
Lo scopo principale del Southern blotting è quello di rilevare una specifica sequenza di DNA in un campione. La tecnica è utilizzata nel fingerprinting del DNA, test di paternità, identificazione della vittima e identificazione criminale. Aiuta anche nell'identificazione di specifici geni, nella RFLP (polimorfismo della lunghezza del frammento di restrizione), nella mutazione e nell'identificazione del riarrangiamento genico, delle malattie genetiche e degli agenti infettivi..
Cos'è il Northern Blotting
Il Northern blotting è la tecnica utilizzata per rilevare uno specifico RNA in una miscela di RNA. I passaggi fondamentali di un Northern Blot sono i seguenti.
elettroforesi - Separa il campione di RNA in base alla dimensione in bande distinte.
Trasferimento - Per azione capillare, le bande di RNA nel gel vengono trasferite sulla membrana.
Rilevazione di sequenze specifiche - La sequenza di RNA bersaglio viene rilevata dall'ibridazione con una sonda oligonucleotidica marcata a base di DNA.
Figura 2: Macchiatura nordica
Poiché il Northern blotting può identificare una sequenza specifica di RNA in un campione, può essere utilizzato negli studi di espressione genica. Può anche aiutare nella diagnosi della malattia.
Cos'è il Western Blotting
Western blot è una tecnica di blotting utilizzata per rilevare una sequenza aminoacidica specifica in una miscela di proteine. I passaggi fondamentali di un Western Blot sono i seguenti.
elettroforesi - Le singole proteine vengono separate in base alla dimensione in bande da SDS PAGE.
Trasferimento - Le bande proteiche nel gel vengono trasferite su una membrana mediante blotting.
Rilevazione di proteine specifiche - La membrana con proteine separate viene incubata con un anticorpo primario che si lega solo alla proteina specifica. Un anticorpo secondario, che è etichettato con un enzima come perossidasi di rafano (HRP) o fosfatasi alcalina, viene utilizzato per rilevare l'anticorpo primario. Quando incubato con il substrato, l'azione enzimatica visualizza il legame degli anticorpi a una regione specifica sulla membrana.
Figura 3: Western blotting
Il western blotting è anche chiamato protein blot o immunoblotting. Può identificare il numero di proteine in un campione, la presenza di batteri e virus nel siero e la presenza di anticorpi anti-HIV nel siero. Può anche rilevare proteine difettose. Inoltre, il western blotting è il test definitivo per l'epatite B, la malattia di Creutzfeldt-Jacob, la malattia di Lyme e l'herpes.
Somiglianze tra Southern Southern e Western Blot
- Southern blotting, Northern blotting e Western blot sono tre tecniche di blotting utilizzate per identificare un particolare tipo di macromolecola all'interno di un campione.
- I tre passaggi delle tecniche di blotting sono l'elettroforesi, il trasferimento e il rilevamento.
- Ogni tecnica richiede denaturazione e blocco con la macromolecola in eccesso, corrispondente.
- Ogni tecnica ha applicazioni in biotecnologia e medicina.
Differenza tra Southern Southern e Western Blot
Definizione
Southern blotting fa riferimento a una procedura per identificare sequenze specifiche di DNA, mentre Northern blotting fa riferimento ad un adattamento della procedura Southern blot utilizzata per rilevare sequenze specifiche di RNA mediante ibridazione con DNA complementare e Western blotting fa riferimento a una procedura di blotting utilizzata per identificare specifici ammino - sequenze acide di proteine.
Sviluppato da
Southern blotting è stato sviluppato da Edward M. Southern nel 1975. Il Northern blotting è stato sviluppato da Alwine e dai suoi colleghi nel 1979 e il western blot è stato sviluppato dal gruppo di George Stark presso la Stanford University nel 1979.
Molecola rilevata
Il Southern blotting rileva specifiche sequenze di DNA, Northern blotting rileva sequenze specifiche di RNA, mentre Western blotting rileva proteine specifiche.
Elettroforesi su gel
Il Southern blotting coinvolge l'elettroforesi su gel di Agarosio e il Northern blotting prevede la denaturazione del gel di agarosio formaldeidico mentre il Western blotting coinvolge la SDS PAGE.
Metodo di blotting
Sia il Southern che il Northern Blot implicano il trasferimento capillare mentre il Western blot implica un trasferimento elettrico.
sonde
Southern blotting utilizza sonde di DNA mentre Northern blotting utilizza sonde di cDNA e Western blot utilizza anticorpi primari e secondari.
Applicazione
Il Southern blotting viene utilizzato per identificare specifiche sequenze di geni e impronte digitali del DNA. Il Northern blotting viene utilizzato nell'analisi dell'espressione genica e il western blotting viene utilizzato nella diagnosi della malattia.
Conclusione
Il Southern blotting identifica una specifica sequenza di DNA, mentre Northern blotting identifica una sequenza specifica di RNA e Western blotting identifica una specifica sequenza proteica in un campione. Pertanto, la principale differenza tra le tre tecniche di blotting è il tipo di macromolecola che rilevano.
Riferimento:
1. "Southern Blotting: Principio, procedura e applicazione -." NOTE BIOLOGICHE ONLINE, 4 dicembre 2017, disponibili qui
2. Kochunni, Deena T e Jazir Haneef. "Macchiatura nordica: principio, procedura e applicazioni." Esami di biologia 4 U, disponibili qui
3. "Western Blotting Technique: Principio, procedura e applicazione -." BIOLOGIA NOTE ONLINE, 4 dic. 2017, disponibile qui
Cortesia dell'immagine:
1. "Figure 17 01 05" di CNX OpenStax - (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia
2. "Northern blot diagram" di Ilewieszoośmiornicach - Opera propria (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia
3. "Western Blotting" di Cawang - Opera propria (CC0) tramite Commons Wikimedia
