Differenza tra BLAST e FASTA

Differenza principale - BLAST vs FASTA

BLAST e FASTA sono due programmi di ricerca di similarità che identificano sequenze e proteine di DNA omologhe basate sulla somiglianza di sequenza in eccesso. L'eccesso di somiglianza tra due sequenze di DNA o amminoacidi deriva dalla comune omologia di stirpe. La ricerca della somiglianza più efficace è il confronto della sequenza aminoacidica delle proteine piuttosto che delle sequenze di DNA. Sia BLAST che FASTA utilizzano una strategia di punteggio per confrontare due sequenze e fornire stime statistiche altamente accurate sulle somiglianze tra le sequenze. Il differenza principale tra BLAST e FASTA è quello BLAST è principalmente coinvolto nella ricerca di allineamenti di sequenza non raggruppati, localmente ottimali mentre FASTA è coinvolto nel trovare somiglianze tra sequenze meno simili.

Aree chiave coperte

1. Cos'è BLAST
     - Definizione, programmi, usi
2. Cos'è FASTA
     - Definizione, programmi, usi
3. Quali sono le somiglianze tra BLAST e FASTA
     - Caratteristiche comuni
4. Qual è la differenza tra BLAST e FASTA
     - Confronto tra le principali differenze

Termini chiave: BLAST, FASTA, DNA, Nucleotide, Proteine, aminoacido, omologia, somiglianza, valore di attesa

Cos'è BLAST

BLAST sta per Strumento di ricerca di base di allineamento locale. Questo cerca la somiglianza tra una sequenza di query e le sequenze depositate nel sito Web del Centro nazionale per le informazioni sulle biotecnologie (NCBI). I geni putativi nella sequenza di interrogazione possono essere rilevati in base all'omologia di sequenza delle sequenze depositate. BLAST è popolare come strumento di bioinformatica grazie alla sua capacità di identificare rapidamente regioni di somiglianza locale tra due sequenze. BLAST calcola un valore di aspettativa, che stima il numero di corrispondenze tra due sequenze. Usa l'allineamento locale delle sequenze. L'interfaccia web NCBI BLAST può essere trovata qui.

Figura 1: Interfaccia Web BLAST NCBI

Ricerche BLAST diverse

Programma BLAST	Query e database
BLASTN (BLAST di nucleotidi)	Query - Nucleotide, Database - Nucleotide
BLASTP (proteina BLAST)	Query - Proteine, Database - Proteine
BLASTX	Query - nucleotide tradotto, database - Proteine
TBLASTN	Query - Protein, Database - Translated nucleotide
TBLASTX	Query - nucleotide tradotto, database - nucleotide tradotto

Cos'è FASTA

FASTA è un altro strumento di allineamento di sequenza che viene utilizzato per cercare somiglianze tra sequenze di DNA e proteine. La sequenza di interrogazioni è suddivisa in modelli di sequenza o parole conosciute come k-tuple e le sequenze target vengono cercate per queste k-tuple al fine di trovare le somiglianze tra i due. FASTA è un ottimo strumento per le ricerche di somiglianza. Quando trovi le somiglianze di sequenza, il modo migliore per condurre la tua ricerca è prima eseguire una ricerca BLAST e poi andare a FASTA. Il formato di file FASTA è ampiamente utilizzato come metodo di input in altri strumenti di allineamento di sequenza come BLAST. L'interfaccia web per FASTA, disponibile presso l'Istituto europeo di bioinformatica (EBI), è disponibile qui.

Figura 2: Interfaccia Web FASTA

Programmi FASTA

Programma FASTA	Descrizione
FASTA	Confronto di sequenza proteina-proteina o confronto nucleotide-sequenza nucleotidica
FASTX, FASTY	Nucleotide - Confronto di sequenze proteiche.
SSearch	Allineamento locale tra proteina - proteina o nucleotide - sequenza nucleotidica
GGSEARCH	Allineamento globale tra proteina - proteina o nucleotide - sequenza nucleotidica
GLSEARCH	Allineamento globale della query e allineamento locale delle sequenze nel database.

Somiglianze tra BLAST e FASTA

BLAST e FASTA sono due programmi di confronto sequenziale che forniscono strumenti per confrontare sequenze di DNA e proteine con i database di DNA e proteine esistenti.

Sia BLAST che FASTA sono strumenti di bioinformatica rapidi e molto accurati.

Entrambi usano allineamenti di sequenza a coppie.

Differenza tra BLAST e FASTA

Definizione

BLAST: BLAST è un algoritmo per confrontare le informazioni sulla sequenza biologica primaria come le sequenze nucleotidiche o amminoacidiche.

FASTA: FASTA è un pacchetto software di allineamento sequenziale di DNA e proteine.

Sta per

BLAST: BLAST è l'acronimo di Basic Local Alignment Search Tool.

FASTA: FASTA è a corto di "fast-all" o "FastA".

Allineamento globale / locale

BLAST: BLAST usa l'allineamento della sequenza locale.

FASTA: FASTA usa prima l'allineamento della sequenza locale e poi estende la ricerca di similarità all'allineamento globale.

Allineamento della sequenza locale

BLAST: BLAST ricerca le somiglianze nell'allineamento locale confrontando i singoli residui nelle due sequenze.

FASTA: FASTA cerca le somiglianze negli allineamenti locali confrontando i modelli o le parole di sequenza.

Tipo di ricerca

BLAST: BLAST è migliore per la ricerca di similarità in sequenze strettamente corrispondenti o localmente ottimali.

FASTA: FASTA è migliore per la ricerca di somiglianze in sequenze meno simili.

Tipo di lavoro

BLAST: BLAST funziona meglio per ricerche di proteine.

FASTA: FASTA funziona meglio per ricerche di nucleotidi.

Lacune nella sequenza di query

BLAST: In BLAST, gli intervalli tra query e sequenze di destinazione non sono consentiti.

FASTA: In FASTA sono consentite lacune.

sensibilità

BLAST: BLAST è uno strumento di bioinformatica sensibile.

FASTA: FASTA è più sensibile di BLAST.

Velocità

BLAST: BLAST è più veloce di FASTA.

FASTA: FASTA è un pedaggio meno veloce rispetto a BLAST.

Sviluppatori

BLAST: BLAST è stato progettato da Stephen Altschul, Webb Miller, Warren Gish, Eugene Myers e David J. Lipman al National Institute of Health nel 1990.

FASTA: FASTA è stato sviluppato da David J. Lipman e William R. Pearson nel 1985.

Significato

BLAST: Al momento, BLAST è lo strumento di bioinformatica più utilizzato per le ricerche di similarità.

FASTA: L'eredità di FASTA è il formato FASTA, che è ormai onnipresente in bioinformatica.

Conclusione

BLAST e FASTA sono due strumenti di allineamento sequenziale a coppie utilizzati in bioinformatica per ricercare somiglianze tra sequenze di DNA o proteine. BLAST è lo strumento più utilizzato per l'allineamento locale delle sequenze di nucleotidi e amminoacidi. FASTA è uno strumento di ricerca di somiglianza fine che utilizza pattern o parole di sequenza. È più adatto per le ricerche di somiglianza tra sequenze meno simili. La principale differenza tra BLAST e FASTA è nelle strategie di ricerca di similarità utilizzate in ogni strumento.

Riferimento:

1. Madden, Thomas. "Lo strumento di analisi della sequenza BLAST." Il manuale dell'NCBI [Internet]. 2a edizione. US National Library of Medicine, 15 marzo 2013. Web. Disponibile qui. 09 giugno 2017.
2. "Allineamento sequenziale della sequenza usando FASTA." Amrita Vishwa Vidyapeetham University. N., n. Web. Disponibile qui. 09 giugno 2017.

Cortesia dell'immagine:

1. Sito ufficiale BLU
2. Sito ufficiale FASTA

Scienza