Differenza tra Nick Translation e Primer Extension

Differenza chiave - Nick Translation vs Primer Extension
 

La traduzione del Nick e l'estensione del primer sono due importanti tecniche eseguite nella biologia molecolare. La differenza chiave tra traduzione di nick e estensione di primer è quella il processo di traduzione del nick produce sonde etichettate per altre tecniche di ibridazione mentre Il metodo di estensione del primer identifica una sequenza specifica di RNA da una miscela e rivela informazioni sull'espressione dell'mRNA. Entrambe le tecniche hanno una grande importanza e vengono eseguite di routine nei laboratori di ricerca molecolare.

CONTENUTO
1. Panoramica e differenza chiave
2. Cos'è la traduzione di Nick
3. Cos'è l'estensione Primer
4. Confronto fianco a fianco - Nick Translation vs Primer Extension
5. Sommario

Cos'è la traduzione di Nick?

La traduzione del Nick è una tecnica importante usata per preparare le sonde etichettate per varie tecniche biologiche molecolari come il blotting, sul posto ibridazione, fluorescente sul posto ibridazione ecc. È un in vitro metodo di etichettatura del DNA. Le sonde del DNA sono utilizzate per identificare specifiche sequenze di DNA o RNA. Con l'aiuto di una sonda etichettata, i frammenti specifici possono essere marcati o visualizzati da una complessa miscela di acido nucleico. Pertanto, le sonde etichettate vengono preparate utilizzando varie tecniche da utilizzare per diverse tecniche. La traduzione del Nick è uno di questi metodi che produce sonde etichettate con l'aiuto degli enzimi DNase 1 e DNA polimerasi 1.

Il processo di traduzione del nick inizia con l'attività dell'enzima DNase 1. La DNasi 1 introduce i noccioli nella spina dorsale del fosfato del DNA a doppio filamento scindendo i legami fosfodiestere tra i nucleotidi. Una volta creato il nick, verrà liberato il gruppo OH 3 del nucleotide e l'enzima DNA polimerasi 1 agirà su di esso. L'attività di esonucleasi da 5 'a 3' della DNA polimerasi 1 rimuove i nucleotidi dal nick verso la direzione 3 'del filamento del DNA. Contemporaneamente, l'attività della polimerasi dell'enzima DNA polimerasi 1 funziona e aggiunge nucleotidi per sostituire i nucleotidi rimossi. Se i nucleotidi fossero etichettati, la sostituzione avverrà tramite i nucleotidi marcati e segnerà il DNA per l'identificazione. Questo DNA etichettato di recente sintetizzato può essere usato come sonde in varie reazioni di ibridazione in Biologia Molecolare.

Figura 01: processo di traduzione del Nick

Cos'è l'estensione Primer?

L'estensione del primer è una tecnica che viene utilizzata per trovare una sequenza specifica di RNA da una miscela di RNA e individuare l'estremità 5 'del trascritto dell'mRNA. È anche usato per studiare la struttura di RNA e l'espressione. Il metodo di estensione del primer viene eseguito con primer marcati o con nucleotidi marcati. Se vengono usati primer marcati, esclude la necessità di etichettare i nucleotidi che sono usati per la sintesi del cDNA. Ci sono diversi passaggi in questa tecnica. Inizia con l'estrazione di RNA dal campione. Quindi un primer oligonucleotidico marcato viene aggiunto alla miscela insieme agli ingredienti necessari per sintetizzare il cDNA di una sequenza specifica di RNA. Primer ricopre con la sequenza complementare dalla miscela. Usando la sequenza di primer ricotto come modello, la trascrittasi inversa enzima sintetizza il DNA complementare (cDNA) della sequenza di RNA. La ricottura di primer e la trascrizione inversa si verificano solo quando la sequenza specifica di RNA è presente nel campione. Infine, quando viene eseguita la denaturazione dell'elettroforesi su gel, è possibile determinare la dimensione della sequenza dell'RNA. È anche facile trovare la base +1 della sequenza dell'mRNA (sito di inizio della trascrizione) mediante il metodo di estensione dell'innesco. La quantità di mRNA presente nel campione può essere quantificata con questo metodo se si utilizza un primer in eccesso.

Figura 02: estensione del primer

Qual è la differenza tra Nick Translation e Primer Extension?

Nick Translation vs Primer Extension
La traduzione di Nick è un processo che crea sonde di DNA etichettate per varie reazioni di ibridazione.	L'estensione del primer è una tecnica utilizzata per trovare l'RNA specifico o per studiare l'espressione genica.
Enzimi usati
Vengono utilizzati gli enzimi DNasi 1 e DNA polimerasi.	Viene utilizzato l'enzima trascrittasi inversa.
Importanza
La traduzione di Nick facilita la marcatura di specifiche sequenze di DNA.	L'estensione del primer consente il rilevamento di specifiche dimensioni della sequenza dell'mRNA e la quantità presente nel campione.

Riepilogo - Nick Translation vs Primer Extension

La traduzione di Nick è un metodo utilizzato per sintetizzare sonde etichettate basate sulle attività di DNase 1 e E coli DNA polimerasi 1 enzimi. È un in vitro metodo impiegato nei laboratori prima di diverse tecniche di ibridazione. Durante la traduzione del nick, l'attività di esonucleasi 5'-3 'della DNA polimerasi 1 rimuove i nucleotidi prima dell'attività del nick e polimerasi della DNA polimerasi 1 sostituisce i nucleotidi rimossi con i nucleotidi marcati dietro il nick. L'estensione del primer è un metodo che viene utilizzato per rilevare un trascritto di RNA specifico da una miscela e quantificare la dimensione e la quantità di RNA di interesse. Questa è la differenza tra la traduzione di nick e l'estensione di primer.

Riferimenti
1. Reid, Alex. "Traduzione di Nick." Springer. N., n. Web. 18 aprile 2017
2. "Primer Extension." National Diagnostics. N., n. Web. 19 aprile 2017
3. Kuo, M. T. e W. Plunkett. "Nick-traduzione dei cromosomi metafase: etichettatura in vitro delle regioni nucleasi-ipersensibili nei cromosomi." Atti della National Academy of Sciences degli Stati Uniti d'America. U.S. National Library of Medicine, febbraio 1985. Web. 19 aprile 2017
4. Raymond et al. "Saggio PCR semplice e quantitativo per l'estensione del primer per il monitoraggio diretto di microRNA e RNA a breve interferenza." RNA. Copyright 2005 di RNA Society, novembre 2005. Web. 19 aprile 2017

Cortesia dell'immagine:
1. "Primer Extension Assay" di Jjnmmnjj - Opera propria (CC BY-SA 3.0) attraverso Commons Wikimedia