Fat32 e NTFS sono stati creati per tenere traccia di tutti i file in un disco rigido. Fat (File Allocation System) creato da Bill Gates e Marc McDonald, è il più vecchio dei due e ha subito molti cambiamenti dalla sua prima apparizione nell'anno 1977. Il numero indica il numero di bit necessari per tenere traccia del File. Fat16 è stato lo standard per un bel po 'di tempo fino a quando il disco rigido con capacità superiori a 4 GB è arrivato sul mercato, a quel punto è stato creato Fat32.
D'altra parte il file system NTFS è nato dal file system HPFS utilizzato da OS / 2, una collaborazione di IBM e Microsoft. Quando l'operazione non è stata superata, alcune delle funzionalità di HPFS sono apparse in NTFS quando è apparso per la piattaforma Windows NT. Da allora è stato sviluppato e appare in una versione più recente di Windows come XP, Vista, e presto verrà rilasciato Windows 7. Microsoft detiene il brevetto per NTFS e quindi non sta divulgando alcun dettaglio per quanto riguarda il file system rendendo solo le unità NTFS leggibile ai sistemi Windows per un lungo periodo, sebbene esistano già alcune implementazioni linux in grado di accedere alle unità NTFS ma senza le sue funzionalità di rilievo.
Fat32 è un sistema molto semplicistico e privo di lanugine che è anche molto documentato. In realtà non fa molto di niente oltre a tenere traccia di dove si trovano i file. Ecco perché è diventato il file system di scelta per la maggior parte dei supporti di memorizzazione portatili come unità flash, lettori mp3 e schede di memoria.
Il filesystem NTFS è esattamente l'opposto, offrendo molteplici miglioramenti che non solo migliorano le sue prestazioni ma anche la sua sicurezza. Uno dei quali è la compressione dei file trasparente che comprime automaticamente il file quando viene scritto sul disco. Ciò potrebbe potenzialmente liberare spazio su disco ma i file potrebbero richiedere del tempo per essere caricati. Un altro è le quote disco in cui un amministratore di sistema può specificare la quantità di disco che un determinato utente può utilizzare.
Scegliere tra i filesystem NTFS e FAT32 è un compito relativamente facile. In poche parole, NTFS è l'opzione migliore quando si desidera distribuirla su un sistema Windows. Non solo per i miglioramenti di velocità ma anche per le sue molteplici funzionalità. Non è consigliabile però per i media portatili poiché la maggior parte dei dispositivi e altri sistemi operativi hanno difficoltà o sono completamente in grado di accedere alle unità NTFS.